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About me

Ken Kuroki (黒木 健) is a graduate student of bioinformatics at the University of Tokyo (東京大学大学院理学系研究科). His research interests include large-scale biological data analysis to gain ecological and evolutionary insights, as well as high-throughput phenotyping using image analysis and machine learning.

Education

  • Bachelor of Arts, International Christian University (Apr 2012 to Mar 2016)
    Division of Arts and Sciences, College of Liberal Arts (Major: Biology, Minor: Mathematics)
    Advisor: Prof. Tsuyoshi Mizoguchi
    国際基督教大学教養学部アーツ・サイエンス学科
    卒業論文ではシロイヌナズナの光周性花成に関する変異体のスクリーニングに取り組み、学内表彰をいただいたほか、学会発表ではポスター賞も受賞しました。

  • Master of Science, The University of Tokyo (Apr 2016 to Mar 2018)
    Department of Biological Sciences, Graduate School of Science
    A
    dvisor: Prof. Wataru Iwasaki
    東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻(修士課程)
    修士論文ではバクテリアにおけるalternative decoding (also known as recoding)の現象に関する大規模ゲノム配列解析に取り組み、またJASSO第一種奨学金の全額返還免除をいただきました。

  • Doctor of Philosophy in Science, The University of Tokyo (Apr 2018 to present, took absence during Apr 2020 to Mar 2022)
    Department of Biological Sciences, Graduate School of Science
    Advisor: Prof. Wataru Iwasaki
    東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻(博士課程)

Positions (academic)

  • Research Assistant, The University of Tokyo (2018 to 2020)
    Graduate School of Science
    東京大学大学院理学系研究科(RA)

  • Project Academic Support Staff, The University of Tokyo (Jul 2020 to Mar 2021)
    Graduate School of Agricultural and Life Sciences
    東京大学大学院農学生命科学研究科(学術支援職員)

  • Assistant Research Staff, Kyoto University (Apr to Aug, 2021)
    Graduate School of Agriculture
    京都大学大学院農学研究科(教務補佐員)

  • Project Academic Support Staff , The University of Tokyo (Sep 2021 to Mar 2022)
    Graduate School of Agricultural and Life Sciences

    東京大学大学院農学生命科学研究科(学術専門職員)

Positions (non-academic)

  • Intern, Preferred Networks, Inc. (Aug to Sep, 2019)
    Summer
    research intern in bio-healthcare field
    サマーインターン@PFN
    難関として一部で有名なインターンシップに幸運なことに参加枠をいただき、二ヶ月間の短い間ですがバイオ・ヘルスケア分野における深層学習を活用した研究開発に取り組みました。

  • Chief Scientist, Quantomics Co., Ltd. (2020 to 2021), CEO (2022 to present)
    An agri-tech startup "Navigator for Future Agriculture"
    深層学習などを用いた画像解析によるフェノミクス(表現型解析)とゲノミクスの両方をカバーし、アカデミアの研究成果を農学に応用・社会実装していくための大学発スタートアップとして創業した会社です。2022年から代表取締役社長を務めています。

Publications (peer-reviewed)

  1. David, E., Serouart, M., Smith, D., Madec, S., Velumani, K., Liu, S., Wang, X., Pinto, F., Shafiee, S., Tahir, I.S., Tsujimoto, H., Nasuda, S., Zheng, B., Kirchgessner, N., Aasen, H., Hund, A., Sadhegi-Tehran, P., Nagasawa, K., Ishikawa, G., Dandrifosse, S., Carlier, A., Dumont, B., Mercatoris, B., Evers, B., Kuroki, K., Wang, H., Ishii, M., Badhon, M.A., Pozniak, C.J., LeBauer, D.S., Lillemo, M., Poland, J.A., Chapman, S.C., de Solan, B., Baret, F., Stavness, I., & Guo, W. Global Wheat Head Detection 2021: An Improved Dataset for Benchmarking Wheat Head Detection Methods. Plant Phenomics, 2021. DOI: 10.34133/2021/9846158
    深層学習によって画像から物体を検出する技術の進展は目覚ましいものがありますが、生物の表現型計測への応用の際には撮影条件のばらつきのみならず遺伝的多様性や生育・栽培環境の多様性の影響も受けるため、ロバストな検出・計測を行うことは挑戦的課題です。この問題に対応する技術開発のための基盤として、本プロジェクトでは応用上重要であるコムギの穂について世界各地で多様な品種、条件下で撮影された画像を集積した公共データセットを構築しました。

  2. Ken Kuroki, Kai Yan, Hiroyoshi Iwata, Kentaro K. Shimizu, Toshiaki Tameshige, Shuhei Nasuda, Wei Guo. Development of a high-throughput field phenotyping rover optimized for size-limited breeding fields as open-source hardware. Breeding Science, 2022. DOI: 10.1270/jsbbs.21059. 日本語プレスリリース.
    野外で大規模に植物の表現型計測を行うためのシステム開発についての論文です。NGSによって遺伝型の取得は飛躍的に効率化した一方で、表現型の取得は難しく、野外ではより一層難しいものです。ドローン空撮技術も急速に進歩していますが、技術面、規制面の制約もつきまといます。今回のような地上型システムはより精細な画像が得られ、深層学習によるさまざまな解析に応用する余地も大きいと考えられます。掲載号のカバー画像にも選んでいただきました。

Other Works

  1. 学部卒業時に大学広報企画の一環としてインタビューしていただいた記事, 2016年3月

  2. 河野暢明, 大上雅史, 黒木健, 堀之内貴明. 実験医学別冊 あなたのラボにAI(人工知能)×ロボットがやってくる 研究に生産性と創造性をもたらすテクノロジー, AI・ロボットコミュニティレポート 生命情報科学若手の会, 編集 夏目徹, 羊土社, pp 54-57, 2017年12月.
    バイオインフォマティクス分野の若手研究者が集い活発な議論を交わす場である「生命情報科学若手の会」の運営スタッフメンバーの一人として、その活動内容の紹介記事を分担執筆しました。

  3. ナショナルジオグラフィック日本版「人体にすむ微生物」, 2020年1月号 (翻訳協力)
    腸内細菌は私たち生活習慣の影響を一方的に受けるだけではなく、逆に私たちに影響を及ぼす存在でもあります。目で見ることこそできないもののきわめて身近で興味深いその多様な世界についての記事の翻訳に協力しました。

  4. Salvador, R.B., Kuroki, K. (2022). The sea slugs of Shiroi Suna no Aquatope. Journal of Geek Studies. 2022.
    水族館を舞台にしたアニメ『白い砂のアクアトープ』に登場するウミウシについての記事をお手伝いしました。「ゆるふわ生物学」の活動の一環としてかかわったものです。

Awards

  • Feb 2015, Life Science Department Head’s Award

  • Spring term 2015, Dean’s list (GPA 3.7+)

  • Autumn term 2015, Dean’s list (GPA 3.7+)

  • Feb 2016, Best Poster Award, Tunisia-Japan Symposium on Science, Society and Technology
    (Awarded to ca. 6 among 32 posters)

  • Mar 2016, Best Presentation Award, OIST Science Challenge
    (Awarded to 1 among 29 participants)
    沖縄科学技術大学院大学が開催する学生ワークショップに参加し、ベストプレゼンテーション賞をいただきました。詳細

  • Mar 2016, Friends of ICU Award (for extracurricular activities)
    (Awarded to 2 in the year among all of the students, graduates, and staff members)
    課外活動として行っていた英語ディベートの運営普及活動における役割、および学生寮での寮長その他の主導的役割、学修支援サポートスタッフ、ならびに大学の新たな国際性強化の取り組みへの関与などの貢献に対して表彰をいただきました。詳細

  • Mar 2016, Friends of ICU Academic Award (undergraduate science section)
    (Awarded to 1 in this section, to 12 in total to approx. 500 graduating students)

  • Nov 2016, 最優秀チーム賞 / Best Team Award, University of Tokyo Edge Capital Venture Partner Program (The top among six teams)

  • Oct 2017, Active Discussion Award, Bioinfowakate Meeting. (Awarded to 1 among 66 participants)

  • May 2018, 特に優れた業績による返還免除(全額免除), 日本学生支援機構 / Recognition of Outstanding Achievements (full exemption of loan payback), Japan Student Services Organization
    (Worth 2.1 million JPY, granted to top 9.8% that year)

  • Sep, 2020, Kubota Award, 2020 Agri-tech GP, hosted by Leave a Nest Co., Ltd.
    (For a pitch presentation on behalf of Quantomics)

  • Jun, 2022, The Award for Education and Enlightenment, Society of Evolutionary Studies Japan. (as Yurufuwa Biology team)
    ゆるふわ生物学の団体名義にて日本進化学会の教育啓発賞を受賞しました。詳細

Funding

  • 2012 (Winter term), One-term full tuition scholarship, International Christian University

  • 2015 (Winter term), One-term full tuition scholarship, International Christian University

  • 2018, 特に優れた業績による返還免除(全額免除), 日本学生支援機構 / Recognition of Outstanding Achievements (full exemption of loan payback), Japan Student Services Organization
    (Worth 2.1 million JPY, granted to top 9.8% that year)

  • 2018, Half-tuition scholarship, the University of Tokyo

  • 2019, Full-tuition scholarship, the University of Tokyo

Activities

  • International Intern, Student Conservation Association (Jul to Aug, 2014)
    Served for Alaska Bureau of Land Management – Central Yukon & Eastern Interior Field Offices, stationed in Eagle and Coldfoot, Alaska, USA
    米国アラスカ州において保全・ビジターサービスにかかわる国際ボランティア活動を行いました。7月はEagle、8月はColdfootに滞在し、Bureau of Land ManagementおよびNational Park Serviceの管理するビジターセンターにおけるビジター対応、資料の翻訳、また野外において保全管理などのボランティア業務を行いました。

  • Member, International Christian University Debating Society (2012-2016) &
    Member, University of Tokyo University Debating Society (2016-2018)
    英語即興ディベートの課外活動において選手および審査員として国内、アジア、世界の大会に出場、国内外での表彰および大会への招待審査員としての参加実績があります。また数百人規模の国際大会ICU Tournamentをスタッフとして運営し、2017年には同大会のChief Adjudicator(主席審査員)を務めました。ICU高校におけるコーチも務めたほか、中高生向けの様々なディベート練習会、大会にもスタッフ・審査員として協力しました。

  • Organizing Staff Member, Bioinfowakate (2017-2021)
    Organized annual workshops for young researchers in bioinformatics and related fields
    生命情報科学若手の会運営スタッフメンバー
    生命情報科学(バイオインフォマティクス)分野において学部生、大学院生を含む若手研究者が集う研究会である生命情報科学若手の会の運営スタッフを務めました。

  • Completed, UTokyo Future Faculty Program (Jul 2018)
    東京大学フューチャーファカルティプログラム修了

  • Member, 七倉睦会 (2018 to present)
    台東区池之端二丁目の七倉稲荷神社での祭りなどの地域の行事を行う集まりにたまたま住んだ縁で参加して活動しています。

  • Volunteer, MLCAS2021 Workshop (Nov, 2021)
    Third International Workshop on Machine Learning for Cyber-Agricultural Systems

  • Member, Yurufuwa Biology (Aug 2020 to present)
    Biology-focused YouTube channel "Yurufuwa Biology" (~30k subscribers)
    YouTubeチャンネル「ゆるふわ生物学」のメンバーの一人です。生物学に関係する雑談をからめたゲーム実況、企画動画、さらにゲスト研究者の方を招待した研究プレゼンテーションまで、サイエンスコミュニケーション活動を名前の通りゆるく行っています。幸いなことに3万人以上の方にチャンネル登録いただいています。活動成果について2021年8月の進化学会にてポスター発表を行いました。

Qualifications

  • Jan 2016, TOEIC Test Score 990

  • Mar 2016, TOEFL iBT Test Score 108

  • Feb 2017, GRE Verbal Score 158

Contact

Email: ABCDEF@bs.s.u-tokyo.ac.jp (replace ABCDEF before the atmark with “kuroki”)